Les Médailles servent de système de score dans les missions du Vaisseau Gummi. Chaque vaisseau Gummi ennemi contrôlé par un Sans-cœur ou un Simili relâche des orbes, qui, une fois ramassés, rapportent des médailles. Celles-ci sont comptabilisées dans le score total lors de la mission.
A chaque fois que le joueur acquiert suffisamment de médailles, l'icône en haut à gauche de l'écran change de forme, augmentant le Niveau de Médailles du vaisseau. Celui-ci diminue si le vaisseau subit des dégâts, mais si le vaisseau évite d'être touché, il peut atteindre le niveau 30, au maximum ; une fois celui-ci atteint, le vaisseau passe en mode Furie, infligeant davantage de dégâts jusqu'à ce qu'il soit touché par un ennemi.
Niveau 0
Niveau 1
Niveau 2
Niveau 3
Niveau 4
Niveau 5
Niveau 6
Niveau 7
Niveau 8
Niveau 9
Niveau 10
Niveau 11
Niveau 12
Niveau 13
Niveau 14
Niveau 15
Niveau 16
Niveau 17
Niveau 18
Niveau 19
Niveau 20
Niveau 21
Niveau 22
Niveau 23
Niveau 24
Niveau 25
Niveau 26
Niveau 27
Niveau 28
Niveau 29
Niveau 30