Kingdom Hearts 358/2 Days[]
En 358/2 Days, Zexión está presente cuando Xion se une a la Organización XIII. Zexión después, enseña a Roxas a completar misiones en Villa Crepúsculo antes de ser enviado al Castillo del Olvido. Fiel a su personalidad, fue paciente con el portador de la Llave Espada, explicando cuidadosamente y con calma la forma de llenar el calibrador de misiones con gran detalle.
Tras el regreso de Axel del Castillo del Olvido, Axel reconoce haber eliminado a Zexión, durante una conversación con Saïx. Algún tiempo después, Axel admite a Saïx que no le importa "ensuciarse las manos", y le habla sobre sus muertes, tanto la de Zexión como la de Vexen. Con esto queda confirmado que la muerte de estos miembros fue planeada de antemano por Saïx y por extension por Xemnas y Xigbar.
Zexión también hace una pequeña aparición más tarde en la historia. Durante una pesadilla de Xion en las Islas del Destino, Roxas está en la playa de las islas buscando a sus amigos. Más tarde se ve a Xion, y Roxas se acerca a ella. Se quita la capucha y resulta ser nada menos que Zexión, que procede a burlarse de una versión más joven de Riku como lo hizo en Kingdom Hearts: Chain of Memories. La escena comienza a desvanecerse, Xion (con forma de Roxas sorprendido) cae al suelo y es sometida a una serie de transformaciones, hasta que finalmente adopta la forma de Sora por primera vez.

Límite de Zexión en Kingdom Hearts 358/2 Days, Meteor Mirage
Kingdom Hearts: Chain of Memories[]
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Zexión al castillo del olvido sospechando de las intenciones de Larxene y Marluxia y alentado por los rumores que Xigbar le contó sobre una "camara" que su superior, Xemnas estaba buscando y de la cual no habia hablado a ningún miembro de la Organización. Al hablarle a Xemnas sobre estos datos, este le concede permiso para ir al castillo del olvido a vigilar a los neofitos, aunque su destino pese a que el no lo supiera quedo sellado en ese instante.
De esta manera llega al castillo de incognito junto con Lexaeus en busca de respuestas, tras serle concedido permiso de Xemnas para ello. Tras llegar, Zexión detecta dos corazones que resultaban particulares: un corazón corrupto (la esencia de malefica contra la que Riku acababa de derrotar en sus recuerdos) y uno que confundio con el corazón de su Superior (Xemnas). Riku, quien es perseguido aún por el sincorazon de Ansem, logra subir por las escaleras del castillo poco a poco mientras esto sucedía.
Vexen se reune mas adelante con Zexión y Lexaeus exigiendo explicaciones de su presencia alli y manteniendo una pequeña disputa con Zexion que Lexaeus detiene, decidiendo entre los tres esperar a ver como se desarrollan los acontecimientos. Mas adelante Zexion identifica al corazon que habia confundido como el de Riku: la oscuridad en el corazón de Riku es tan intensa que Zexión la confundio con la de "El Superior", esto es debido a la presencia de Ansem en su interior logicamente. Zexión se pregunta entonces porque esta Riku en el castillo a lo que Vexen responde que es debido a su conexion con Sora, de esta manera Zexion descubre que Sora esta en el castillo también.
Al Nº VI este dato le pareció muy interesante y revelador. Rápidamente con las explicaciones de Vexen, Zexión se da cuenta de manera definitiva de la traición de Marluxia y Larxene, quienes querían derrocar Organización XIII y apoderarse de los recuerdos de Sora de manera clandestina. De esta manera organiza a Vexen y Lexaeus con un nuevo objetivo: manipular al Riku original de la misma manera que hacia el señor del castillo.
Zexion ordena entonces a Vexen a investigar e informarle de todas las actividades de Marluxia, y es entonces que Vexen ofrece a Neo Riku al señor del castillo, creado a partir del ADN de Verdadero Riku, cuyo verdadero objetivo era robar el corazon y recuerdos del Riku original para sustituirlo ademas de derrotar a Sora para frustrar los planes de Marluxia. Zexión dice a Lexaeus a solas ademas que si fracasa en este empeño sera tarea de Vexen arreglar su desaguisado el solito. Sin embargo antes de conseguir resultados y tras la intervencion de Larxene y Namine en los recuerdos de la copia de Riku, Vexen fue eliminado mas tarde por Axel a raiz de las ordenes de Marluxia, lo cual Zexion encuentra deplorable en el hecho de que agentes de la organizacion se estaban matando entre si. El plan de Zexion y Lexaeus da un giro entonces y al no poder usar la replica deciden optar por liberar la oscuridad del Riku original, para ello Lexaeus se enfrenta a Riku en combate pero finalmente es derrotado y Zexion se queda solo.
Axel se aparece ante el entonces y le relata que la ejecución de Vexen fue una estratagema para ganarse la confianza de los traidores, al descubrir que Sora se iba a enfrentar a Marluxia, Zexión decide que Riku ya no es de utilidad para la organización y ademas un peligro potencial, pues fue capaz de acabar con Lexaeus. Zexion pregunta entonces a Axel sobre los datos de su hogar y con ellos crea un naipe de las islas del destino y tras esto se reune con Riku y lo convence de que Sora le odia debido a la oscuridad que mora en su interior y lo insta a descubrir la verdad por si mismo.

Momento final de Zexión
Zexion se reune con Riku y implanta la culpa y la duda en su corazón culpandolo de que le paso a las islas del destino por su ansia de libertad y poder y asi convencerlo de que realmente pertenece a la oscuridad.
Es entonces que usando una ilusion con la apariencia de Sora lo ataca con la esperanza de destruirlo mientras sucumbia a la desesperación y era cegado por la luz, pero el recuerdo de Kairi da fuerzas a Riku y a traves de ella ve en la luz y encuentra la oscuridad de Zexion. Zexion se pregunta como lo ha hecho y Riku contesta que con esperanza y que ademas aun cegado por la luz, el olor de la oscuridad lo guia hasta el. Entonces Zexion se enfrenta a el para destruir su esperanza furioso sin embargo, Riku lo derrota. Zexion en el suelo dice que realmente sigue siendo un ser oscuro para que Riku vuelva a dudar, pero este ya no tiene miedo a la oscuridad ni a si mismo, y Zexión acaba confuso por este hecho pues Riku siempre tuvo miedo a si mismo pero este finalmente lo ataca y el nºVI se desvanece en la oscuridad huyendo de la pelea herido. Zexion se pone a salvo y se pregunta porque Riku puede controlar y manejar la oscuridad de esa manera y entonces Axel aparece con la Replica de Riku asustandolo. Zexión se da cuenta de que es la replica y le dice a Axel de volver a su antiguo plan: usar la replica para derrotar al Riku autentico, pero Axel susurra a la replica que si obtiene mas poder podra ser una persona distinta, no una copia de nadie instandolo a atacar a Zexion. De esta manera Axel traiciona también a Zexión y la replica de Riku absorbe el poder de Zexión haciendo que este se funda en cenizas desvaneciendose en la oscuridad.
Su muerte es orquestrada sin embargo por Xemnas, Xigbar y Saïx con mucha anterioridad pues al saber que Zexión era el miembro mas inteligente de todos y habiendolo desechado debido a su caracter, de sus planes para conventirlo en contenedor de Xehanort, Xigbar le contó lo que sabia sobre la camara del despertar. Zexión que era muy leal a la organización y a Xemnas puso al corriente de Xemnas de que Xigbar sabia estos datos y seguramente pregunto sobre esta camara a su Superior. Desgraciadamente para el su lealtad fue su perdicion pues enterarse de la existencia de la "camara del despertar" fue la excusa perfecta para eliminarlo sin que ningun otro miembro sospechara: Ya sabia demasiado sobre la organización y estuvo muy cerca de descubrir sus auténticos planes asi que ordenarón a Axel asegurarse de que el también fuera eliminado.