Los Naipes Mágicos aparecen en Kingdom Hearts: Chain of Memories como un tipo de juego de naipes que lanza conjuros mágicos. Pueden ser identificados por sus bordes azules, que comparten con los Naipes de Invocación. Los siete Naipes Mágicos del juego representan los hechizos aprendidos por Sora en Kingdom Hearts, y se utilizan en la mayor parte de la misma manera, aunque cada hechizo se puede actualizar a los niveles más potentes como en Kingdom Hearts y Kingdom Hearts II, en este caso por múltiplos naipes guardados de este hechizo. También se pueden utilizar en varias combinaciones con otras Cartas Mágicas, así como de ataque, de objetos, de Invocación y los Naipes Aliados para realizar hechizos totalmente diferentes disponibles en los otros juegos. Muchas de estas nuevas combinaciones son de de hechizos tradicionales de Final Fantasy, como "Tornado" u "Ondas de Choque".
Los Naipes Mágicos sólo están disponibles en la Historia de Sora, aunque varios jefes utilizan sus propias versiones de los naipes que muestran sus caras en lugar de un hechizo específico. Sora también puede usar dos Naipes Mágicos especiales durante el minijuego Bumble-Rumble.
Lista de Naipes Mágicos[]
| Tarjeta | Nombre | Ubicación | Descripción |
| Piro | Derrota a Axel en el 1 º piso del Castillo del Olvido. | Magia que hace daño de fuego. Guarda dos naipes para Piro+ y tres naipes para Piro++. | |
| Hielo | Disponible desde el principio. | Magia que hace daño de hielo. Guarda dos naipes para Blizzara y tres cartas de Blizzaga. | |
| Electro | Derrota a Larxene en el 6 ºpiso del Castillo del Olvido. | Magia que hace daño de rayo. Guarda dos naipes para Electro+ y tres naipes para Electro++. | |
| Cura | Disponible desde el principio. | Magia que restaura HP. Guarda dos naipes para Cura+ y tres naipes para Cura++. | |
| Gravedad | Agrabah, en una recompensa. | Magia que hace daño en relación con el HP de los enemigos restantes. Guarda dos naipes para Gravedad+ y tres naipes para Gravedad++. | |
| Paro | País de las Maravillas, en una recompensa. | Magia que se detiene el movimiento del enemigo durante un periodo de tiempo establecido. Guarda dos naipes para Paro+ y tres naipes para Paro++. | |
| Aero | Derrota a Riku en el 7º piso del Castillo del Olvido. | Magia que hace volar a los enemigos cercanos y inflige daño. Guarda dos naipes para Aero+ y tres naipes para Aero++. | |
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Viento [ Re CoM] | Bumble-Rumble | Golpea abejas a distancia. |
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Miel [ Re CoM ] | Bumble-Rumble | Recupera indicador de la miel de Pooh. |
