Systemkerne sind einzigartige Orte in Kingdom Hearts Re:coded, welche das Debug-Areal in Kingdom Hearts coded ersetzen. Um in Systemkerne zu gelangen muss man sogenannte Hintertüren mit dem Sensor aufspüren. In jeder Welt gibt es mehrere Hintertüren zu den Systemkernen, welche jeweils unterschiedlich viele Ebenen haben. Sobald eine Ebene befreit wurde, erscheint ein Link zur nächsten Ebene. Sind alle Ebenen eines Systemkerns befreit erscheint ein Terminal, mit dem Daten-Sora dem Systemkern entkommen kann.
In jeden Systemkern resideren Bug-Bots. Ist die Umgebung einer Eben in einem Systemkern rot gefärbt, bedeutet dies, dass in diesem Bereich Viren herrschen und besiegt werden müssen um voran zu kommen. Sobald sich die Raumfarbe zu blau ändert, ist das ein Indiz dafür, dass in diesem Raum keine Viren mehr sind. Der Link um in weitere Ebenen zu gelangen erscheint nur, wenn sämtliche Viren einer Ebene besiegt sind. Für das vernichten von Viren und zerstören von Bug-Blöcken erhält Daten-Sora Systempunkte(SP). Systempunkte können beim Terminal gegen verschiedene Belohnungen wie Status-Chips, besondere Gegenstände oder anderes eingetauscht werden. Die oberen Belohnungen sind gelb gefärbt und jeweils nur einmal pro Systemkern verfügbar, während darunterliegende weiße Belohnungen beliebig oft eingetauscht werden können. Sobald keine SP mehr für Gegenstände zur Verfügung stehen, müssen sie gegen Taler oder Erfahrungspunkte eingetauscht werden, wobei dort ein Maximum von jeweils 99999 exisitert und nicht überschritten werden kann.
Nach dem Stadt Traverse geschafft wurde, stehen die Herausforderungen zur Verfügung. Sobald Daten-Sora ein Systemkern betritt erhält er automatisch 1000 SP. Beim betreten jeder neuen Ebene werden 10%, 30% oder 50% der SP wieder abgezogen, je nachdem für wie viel sich entschieden wird, und es wird eine Herausforderung genannt. Wird die Herausforderung erfolgreich bestanden, wird der Einsatz anhand eines vorher genannten Multiplikators auf das SP-Konto gutgeschrieben. Schlägt die Herausforderung fehl geht der Einsatz verloren. Verliert Daten-Sora seine LP während einer Herausforderung, verliert er automatisch einen Großteil seiner SP. Jede Ebene hat andere Herausforderungen und je mehr Ebenen es werden, desto schwieriger werden die Herausforderungen, aber desto höher sind die Multiplikatoren. Im späteren Verlauf können Ebenen in einem Systemkern zufällig mit Viren infiziert sein, bei denen 100% der SP als Einsatz gelten.
Systemkerne können nur durch Hintertüren erreicht werden, welche von Daten-Sora gefunden werden müssen, da diese erstmal unsichtbar sind. Während des Suchens nach einer Hintertür sind Piep-Geräusche zu hören und ein blauer Sensor ist auf dem unteren Bildschirm zu sehen, womit die Hintertüren ausfindig gemacht werden können. Je näher Daten-Sora an eine Hintertür rankommt, desto schneller werden die Geräusche und das aufblitzen des Sensors, bis der Sensor rot aufleuchtet. Wenn Daten-Sora ganz nahe ist, wird die unsichtbare Tür automatisch anvisiert und muss nur noch untersucht werden um sie sichtbar zu machen. Je höher der Wert von Analyse ist, desto mehr Hintertüren und Systemkerne kann Daten-Sora auffinden.
Systemkerne im Modus "Freies Erkunden"
In dieser Auflistung ist zu sehen, wo die Systemkerne in Freies Erkunden zu finden sind. Systemkerne aus Hollow Bastion Akt 2 werden nicht aufgelistet, da es dort kein freies erkunden gibt.
Klassisches Königreich | Festtagstanz | Die puddingreichen Sieben | Lichtsucher: Kurs A und Lichtsucher: Kurs B | Frostige Talfahrt | Lumpys Obstparade | Puuhs Honigernte | Tiggers Gemüsefreuden | Verum Rex: Beat of Lead