Systemkerne sind einzigartige Orte in Kingdom Hearts Re:coded, welche das Debug-Areal in Kingdom Hearts coded ersetzen. Um in Systemkerne zu gelangen, muss man sogenannte Hintertüren aufspüren, welche erstmal nicht sichtbar sind. Zum aufspüren stehen ein Sensor sowie ein Geräusch-Pegel zur Verfügung, welche beide schneller werden, je nähe Daten-Sora an der Hintertür ist. Ist Daten-Sora ganz nahe, visiert er automatisch die unsichtbare Tür an und muss sie nur noch untersuchen, danach kann er den Kern betreten. In jeder Welt gibt es mehrere Systmkerne und entsprechende Hintertüren, welche jeweils unterschiedlich viele Ebenen haben. Sobald eine Ebene befreit wurde, erscheint ein Link zur nächsten Ebene. Sind alle Ebenen eines Systemkerns befreit erscheint ein Terminal, mit dem Daten-Sora dem Systemkern entkommen kann.
In jeden Systemkern residieren Bug-Bots. Ist die Umgebung einer Ebene in einem Systemkern rot gefärbt, bedeutet dies, dass in diesem Bereich besondere Bugs herrschen und besiegt werden müssen, um voran zu kommen. Sobald sich die Raumfarbe zu blau ändert, ist das ein Indiz dafür, dass in diesem Raum keine Bugs mehr sind. Der Link um in weitere Ebenen zu gelangen erscheint nur, wenn sämtliche Bugs einer Ebene besiegt sind. Für das vernichten von bugs und zerstören von Bug-Blöcken erhält Daten-Sora Systempunkte(SP). Systempunkte können beim Terminal gegen verschiedene Belohnungen wie Status-Chips, besondere Gegenstände oder anderes eingetauscht werden. Die oberen Belohnungen sind gelb gefärbt und jeweils nur einmal pro Systemkern verfügbar, während darunterliegende weiße Belohnungen beliebig oft eingetauscht werden können. Sobald keine SP mehr für Gegenstände zur Verfügung stehen, muss der Rest gegen Taler oder Erfahrungspunkte eingetauscht werden, wobei dort ein Maximum von jeweils 99999 exisitert und nicht überschritten werden kann, wodurch SP nicht in andere Systemkerne übertragbar sind.
Nach dem Stadt Traverse absolviert wurde, stehen die Herausforderungen zur Verfügung. Sobald Daten-Sora ein Systemkern betritt erhält er automatisch 1000 SP. Beim betreten jeder neuen Ebene werden 10%, 30% oder 50% der SP wieder abgezogen, je nachdem für wie viel sich entschieden wird, und es wird eine Herausforderung genannt. Wird die Herausforderung erfolgreich bestanden, wird der Einsatz um einen vorher genannten Multiplikators erweitert und auf das SP-Konto gutgeschrieben. Schlägt die Herausforderung fehl geht der Einsatz verloren. Verliert Daten-Sora seine LP während einer Herausforderung, verliert er automatisch einen Großteil seiner SP. Jede Ebene hat andere Herausforderungen und je mehr Ebenen es werden, desto schwieriger werden die Herausforderungen, aber desto höher sind die Multiplikatoren. Im späteren Verlauf können Ebenen in einem Systemkern zufällig mit Viren infiziert sein, bei denen 100% der SP als Einsatz gelten.
In dieser Auflistung ist zu sehen, wo die Systemkerne in Freies Erkunden zu finden sind. Systemkerne aus Hollow Bastion Akt 2 werden nicht aufgelistet, da es dort kein freies erkunden gibt.
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